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Die Fachgruppe Medizinische Chemie besteht seit 1971. Ihre ca. 850 Mitglieder sind in Hochschulinstituten, anderen Forschungseinrich-tungen und in der pharmazeutischen Industrie tätig. Die Fachgruppe hat zum Ziel, eine Brücke zu schlagen zwischen Chemie, Biologie, Medizin, Pharmazie, Informatik und dem Ingenieurswesen. Sie befasst sich gebietsübergreifend mit Fragen der modernen Arzneimittelentwicklung, insbesondere der Wirkstofffindung, der Leitsubstanzoptimierung unter Einbeziehung moderner Technologien wie kombinatorischer Synthese, Hochdurchsatz-Screeningsysteme auf der Basis molekularbiologischer Grundlagen, Drug Design, Molecular Modelling, quantitativer Struktur-/Wirkungsanalysen, Pharmakokinetik und Metabolismus.

Die Medizinische Chemie beschreibt ein modernes multidisziplinäres Forschungsgebiet. Sie nutzt neueste wissenschaftliche Erkenntnisse der Biologie und Chemie zur gezielten Herstellung von Wirksubstanzen aus und trägt so entscheidend zur Entwicklung innovativer Arzneimittel bei.

Zielsetzungen
Die Fachgruppe pflegt den interdisziplinären Gedankenaustausch und fördert die in Deutschland nicht als Lehrfach etablierte Medizinische Chemie durch

• Organisation von Tagungen und Fortbildungskursen, auch gemeinsam mit der GDCh-Fachgruppe Biochemie, der Deutschen Pharmazeutischen Gesellschaft und der European Federation for Medicinal Chemistry (EFMC),
• Förderung der Kooperation zwischen den Fachgruppen der GDCh und der Deutschen Pharmazeutischen Gesellschaft sowie zwischen Hochschule und pharmazeutischer Industrie.

Sie fördert und unterstützt den akademischen Nachwuchs und sichert dessen Weiterbildung im Beruf durch

• Fortbildungsveranstaltungen, Vergabe von Stipendien zur Teilnahme an Fachgruppentagungen und Symposien,
• Vergabe von Promotionspreisen,
• Vergabe eines Nachwuchs-Preises zur Ehrung besonderer Innovationen in der medizinischen Chemie gemeinsam mit der Fachgruppe "Pharmazeutische Chemie" der Deutschen Pharmazeutischen Gesellschaft.

Die Fachgruppe Medizinische Chemie setzt sich für eine gute Ausbildung der deutschen Studierenden der Chemie und der Pharmazie zur Erhaltung des Pharmaforschungsstandortes Deutschland ein. 

Gemeinsam mit der Deutschen Pharmazeutischen Gesellschaft gibt sie das Archiv der Pharmazie heraus, die älteste deutsche, chemische Fachzeitschrift.