Treuhänderisch verwaltet die GDCh eine ganze Reihe unselbstständiger Stiftungen. Zweck dieser Stiftungen ist die Vergabe von Preisen, Förderpreisen und Stipendien.

Besonders hervorgehoben sei die Karl-Ziegler-Stiftung, die mit dem 50.000 Euro dotierten Karl-Ziegler-Preis einen der beiden höchstdotierten Stiftungspreis der GDCh für herausragende wissenschaftliche Leistungen in der Chemie vergibt. Daneben werden aus dieser Stiftung Reisestipendien zu den EuChemS-Kongressen und den GDCh-Wissenschaftsforen vergeben.

Der zweite mit 50.000 Euro dotierte Preis ist der Klaus-Grohe-Preis, der für besondere Leistungen auf dem Gebiet der Medizinischen Chemie und der Wirkstoffforschung vergeben wird. Der Preis wurde von Klaus Grohe gestiftet; die Klaus-Grohe-Stiftung hat er zusammen mit seiner Frau Eva Grohe 2001 bei der GDCh eingerichtet.

Zu nennen sind ferner der Paul-Bunge-Preis, den die Hans R. Jenemann-Stiftung vergibt, sowie die Auszeichnungen der Dr. Hermann Schnell-, Hellmut-Bredereck-, Georg-Manecke-, Wolfgang Johannes Hönle- und Meyer-Galow-Stiftung. 

Die jünste Stiftung ist die Dres.-Volker-und-Elke-Münch-Stiftung, die junge Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen finanziell bei der Anmeldung von Patenten unterstützt.

Stiftungsbeiräte entscheiden über die Vergabe der Preise und Auszeichnungen.