Treuhänderisch verwaltet die GDCh eine ganze Reihe unselbstständiger Stiftungen. Zweck dieser Stiftungen ist die Vergabe von Preisen, Förderpreisen und Stipendien.

Die Karl-Ziegler-Stiftung vergibt mit dem mit 50.000 Euro dotierten Karl-Ziegler-Preis einen der beiden höchstdotierten Stiftungspreise der GDCh für herausragende wissenschaftliche Leistungen in der Chemie. Im Rahmen des Karl-Ziegler-Förderpreises wird außerdem ein Stipendium für Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler zur Finanzierung einer Postdoc-Stelle vergeben.

Der Klaus-Grohe-Preis ist mit 75.000 Euro dotiert und zählt damit zu den höchstdotierten Auszeichnungen auf dem Gebiet der Medizinischen Chemie und der Wirkstoffforschung. Der Preis wurde von Klaus Grohe gestiftet; die Klaus-Grohe-Stiftung hat er zusammen mit seiner Frau Eva Grohe 2001 bei der GDCh eingerichtet.

Die Dres.-Volker-und-Elke-Münch-Stiftung unterstützt junge Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen finanziell bei der Anmeldung von Patenten.

Zu nennen sind ferner der Paul-Bunge-Preis, den die Hans R. Jenemann-Stiftung vergibt, sowie die Auszeichnungen der Scimus et Sciemus-, Dr. Hermann Schnell-, Hellmut-Bredereck-, Georg-Manecke-, Wolfgang Johannes Hönle- und Meyer-Galow-Stiftung. 

Zu den jüngsten Stiftungen zählen die Christel und Herbert W. Roesky-Stiftung, die alle zwei Jahre einen mit 10.000 Euro dotierten Preis auf dem Gebiet der molekularen Hauptgruppenchemie vergibt, sowie die Reinhard-Zellner-Stiftung, die einen Preis für einen herausragenden Beitrag zum wissenschaftlichen und/oder technischen Fortschritt bei der Erzeugung und Anwendung von grünem Wasserstoff in Industrieprozessen und in der Energiewirtschaft, einschließlich der Erzeugung von CO₂-reduzierten Kraft- und Brennstoffen, verleiht.

Stiftungsbeiräte entscheiden über die Vergabe der Preise und Auszeichnungen.