Die GDCh und die übrigen Mitgliedsgesellschaften des Deutschen Zentralausschusses für Chemie, die Deutsche Physikalische Gesellschaft (DPG) und die Stadt Frankfurt am Main haben im Frühjahr 2005 einen neuen "Otto-Hahn-Preis" geschaffen. Hierbei handelt es sich um eine Verschmelzung des "Otto-Hahn-Preises für Chemie und Physik" von 1953 mit dem "Otto-Hahn-Preis" der Stadt Frankfurt von 1969. Laut Statut des gemeinsamen "Otto-Hahn-Preises" soll dieser Preis der "Förderung der Wissenschaft insbesondere auf den Gebieten der Chemie, Physik und der angewandten Ingenieurwissenschaften durch die Anerkennung herausragender wissenschaftlicher Leistungen" dienen.
Der Preis ist mit 50.000 Euro dotiert, die zur Hälfte die Stadt Frankfurt und je zu einem Viertel die DPG und die GDCh aufbringen. Er wird alle zwei Jahre mit einem Festakt in der Frankfurter Paulskirche verliehen, wobei die Preisträger alternierend aus der Physik und aus der Chemie kommen.

Die Preisträger werden von einem Kuratorium aus acht Mitgliedern ausgewählt. Vier Mitglieder gehören der Stadt Frankfurt an (Oberbürgermeisterin, Stadtverordnetenvorsteher, Kulturdezernent, Universitätspräsident) und jeweils zwei benennen die Vorstände von GDCh und DPG. 

Inhaber des Otto-Hahn-Preises

2005                             Theodor W. Hänsch, München (Physik)

2007                             Gerhard Ertl, Berlin (Chemie)

2009                             Stefan Hell, Göttingen (Physik)